Ο στρατηγός του Βυζαντίου Νικηφόρος Φωκάς απελευθέρωσε την Κρήτη από την αραβική κατοχή κατά το 961 μ.Χ.. Το Ηράκλειο έπεσε στα χέρια των Βυζαντινών μετά από πολιορκία τεσσάρων μηνών, κατά τη διάρκεια της οποίας οι Άραβες είχαν περίπου 200.000 νεκρούς.
Ο Νικηφόρος Φωκάς, αφού απελευθέρωσε το Χάνδακα, ίδρυσε το 961 μ.Χ. πάνω στο βραχώδες ύψωμα Ρόκκα το φρούριο του Τεμένους με σκοπό να μεταφέρει την πόλη του Ηρακλείου σε αυτήν τη θέση για να προφυλάξει τους κατοίκους της από επιθέσεις. Ωστόσο αυτή του η προσπάθεια του δεν πραγματοποιήθηκε και η πόλη παρέμεινε εκέι που ήταν.
Κατά την περίοδο της βυζαντινής αυτοκρατορίας το νησί γνώρισε πάλι ακμή. Εδραιώνεται η στρατηγική του θέση, ενδυναμώνεται η θέση του Ηρακλείου ως πρωτεύουσα πόλη και ανθίζουν οι τέχνες, κυρίως μέσα από την εκκλησιαστική αρχιτεκτονική και ζωγραφική. Ιδιαίτερα αξιόλογες είναι οι τοιχογραφίες αυτής της περιόδου. Η προσπάθειά του όμως δεν ολοκληρώθηκε και η πόλη παρέμεινε εκεί που ήταν.
Ο Χριστιανισμός άνθισε και πάλι, το Ηράκλειο έγινε έδρα του αρχιεπισκόπου ενώ εκκλησίες και μοναστήρια χτίστηκαν σ’ όλο το μήκος του νησιού. Πολλές εκκλησίες αυτής της περιόδου σώζονται σε όλο το νησί. Την περίοδο αυτή εγκαταστάθηκαν στο νησί οικογένειες ευγενών του Βυζαντίου καθώς και πολλοί από τους στρατιώτες του Νικηφόρου Φωκά, οι οποίοι έχτισαν νέα χωριά.
Μετά από την Δ’ σταυροφορία η βυζαντινή αυτοκρατορία διαλύεται και κατά τη διανομή των χωρών, η Κρήτη πέφτει αρχικά στους Γενουάτες και σύντομα στους Βενετούς οι οποίοι εποίκησαν το νησί.
πηγή: archanes-asterousia.gr